漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一暂无内容配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南暂无内容配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希暂无内容配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美暂无内容配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美暂无内容配音）对其真实身份产生怀疑。暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容暂无内容刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……